El Consejo de organizaciones no gubernamentales (CNGOs) del distrito de Jaffna se formó durante el pico del conflicto en noviembre de 1990 con el objetivo de apoyar una ayuda coordinada a las personas afectadas cuando los recursos disponibles de las diversas organizaciones no gubernamentales (ONG) en el distrito fueron muy limitados. Hubo 14 organizaciones de miembros, incluyendo 4 de las ONG internacionales en el momento (es decir: cuidado, FORUT, SCF y Redd Barna).
Con el éxodo masivo en octubre de 1995 a Thenmaradchy y la región de Wanni la tarea de las CNGOs fue formidable para coordinar y buscar eficientemente en la asistencia de socorro de casi 500.000 personas desplazadas dentro del distrito. Las diversas medidas de defensa tomadas en el momento con la comunidad internacional, los gobiernos y las Naciones Unidas hizo difícil para las organizaciones no gubernamentales internacionales continuar con la membresía ya que apareció una fracción de interés.
Así, uno por uno todos los cuatro ONGI salió el Consejo de mediados de 1996 pero optó por ser actualmente tan sólo 'observadores'. El viaje de las CNGOs continuó desde 1996 hasta la fecha con sólo los activos nacionales y ONG locales funcionando en Jaffna. En este momento hay 28 organizaciones miembros con el Consejo de los cuales 10 son organizaciones de nivel nacionales (es decir, están funcionando en más de un distrito) y los otros son organizaciones locales.
